Aunque en Linux contamos con ffmpeg para convertir nuestros vídeos a cualquier formato resulta bastante engorroso tener que aprender a manejar los n-cientos parámetros que trae de serie.
Como solución que nos simplifique el proceso contamos con Winff que no es más que un frontend (o interfaz gráfica) de ffmpeg que además de permitirnos convertir entre los distintos formatos que éste admite también incluye la posibilidad de convertir “del tirón” varios ficheros simultáneamente.
Para instalarlo bastará con buscarlo en Synaptic y aceptar la solicitud de incluir las dependencias (si no tenemos instalado ffmpeg).
Su uso es bastante intuitivo y nos ahorrará más de un quebradero de cabeza a la hora de convertir ficheros de vídeo.
A mi personalmente me viene muy bien cuando quiero reducir el tamaño de los vídeos que grabo con la cámara de fotos 
si ya tengo instalado el ffmpeg sera necesario desinstalarlo y colocar este otro programa o existe una forma de simplemente suporponer la interfaz grafica al programa en si?
@Carlos, al tratarse de un frontend lo único que hace es añadir una interfaz gráfica (GUI) a ffmpeg por lo que tenerlo instalado es un requisito para que funcione (si ya lo tienes la única diferencia es que el gestor de paquetes, synaptic, no te pedirá instalarlo)
Espero haber aclarado la duda